Hrvatsku zakladu za znanost osnovao je Hrvatski sabor posebnim zakonom u prosincu 2001. godine pod nazivom Nacionalna zaklada za znanost, visoko školstvo i tehnologijski razvoj Republike Hrvatske sa svrhom razvoja i promicanja znanosti i tehnologijskog razvoja u Republici Hrvatskoj te s krajnjim ciljem osiguravanja održivog društvenog i gospodarskog razvoja uz poticanje zapošljavanja i vodeći se načelima socijalne uključivosti.

Zaklada osigurava potporu znanstvenih, visoko obrazovnih i tehnologijskih programa i projekata te poticanje međunarodne suradnje kroz ulaganje u ideje, ljude, suradnju i izvrsnost. Svaki natječaj ima za cilj potaknuti suradnju s gospodarstvom ili drugim znanstvenim ustanovama, poduprijeti obrazovanje i razvoj nadarenih i kreativnih pojedinaca, razvoj hrvatskog visokoobrazovnog i znanstvenog prostora i stvoriti rezultate koji stimuliraju hrvatsko gospodarstvo i dobrobit društva.

Naš rad u Hrvatskoj
Zaklada je 2008. godine postala punopravna članica Europske znanstvene zaklade (ESF, European Science Foundation), čime je olakšana integracija hrvatskih znanstvenika u europski istraživački prostor. Od svibnja 2013. godine Zaklada je punopravna članica Science Europe, novoosnovane organizacije koja okuplja nacionalne ustanove koje financiraju znanstvena istraživanja radi promoviranja zajedničkih interesa te definiranja polazišta za zajedničko komuniciranje s nacionalnim vladama i ustanovama EU o temama znanstvene politike.

Pristupanjem Europskoj povelji za istraživače i Kodeksu o zapošljavanju istraživača 2011. godine, Zaklada je prihvatila usklađivanje svojih pravila s onima ostalih europskih država, a u svibnju 2013. godine dodijeljeno joj je pravo na uporabu loga HR Excellence in Research Europske komisije.